ความถี่อััลลีลจากความหลากหลายทางพันธุกรรมทั่วจีโนมในประชากรไทย

ชุดข้อมูลที่รวบรวมความหลากหลายทางพันธุกรรมแบบ Short variants (SNV และ INDEL) ทั่วจีโนม จากข้อมูล WGS ของประชากรไทย จำนวน 50,000 ราย

โดยประมวลผลเพื่อค้นหาความหลากหลายทางพันธุกรรมแบบ SNV และ INDEL โดยใช้ GATK4 best practice เทียบกับจีโนมอ้างอิงมาตรฐาน GRCh38 + decoy genomes (โครโมโซมคู่ที่ 1-22, X และ Y)

ดำเนินการประมวลผลเพื่อหา Genotype ระดับประชากรด้วย Software GraphTyper ทำการคัดกรอง Genotype รายบุคคลที่น่าเชื่อถือ โดยต้องมี 5 < DP 20; ถ้าข้อมูลไม่ตรงตามนี้จะถือเป็น Missing genotype ( . )

เมื่อได้ข้อมูล Population scale Genotype ทั้ง 50,000 รายแลัวจะทำการคัดกรองความสัมพันธ์ทางสายเลือด ด้วย IBD (Identity-by-Descent) โดยตัดรายที่มีความสัมพันธ์ตั้งแต่ 3rd degree ออก (3rd degree, 2nd degree, FS, PO, Dup/MZ) คงเหลือ 40,314 ราย และสุดท้ายทำการประมวลผลข้อมูลเพื่อคำนวณความถี่อัลลีลโดยใช้ BCFTools

ข้อมูลและทรัพยากร

ข้อมูลเพิ่มเติม

ฟิลด์ ค่า
* ประเภทชุดข้อมูล ข้อมูลระเบียน
ยินยอมให้นำชื่อชุดข้อมูลไปใช้ที่ GD-Catalog ยินยอม
* ชื่อฝ่ายงานสำหรับติดต่อ สวทช.
* อีเมลสำหรับติดต่อ chumpol.nga@biotec.or.th
* วัตถุประสงค์ มติคณะรัฐมนตรี
* หน่วยความถี่ของการปรับปรุงข้อมูล ไม่ทราบ
ค่าความถี่ของการปรับปรุงข้อมูล (ความถี่น้อยที่สุด)
* ขอบเขตเชิงภูมิศาสตร์หรือเชิงพื้นที่ ไม่มี
* แหล่งที่มา Genomics Thailand
* รูปแบบการเก็บข้อมูล อื่นๆ
vcf.gz
* หมวดหมู่ข้อมูลตามธรรมาภิบาลข้อมูลภาครัฐ ข้อมูลสาธารณะ
ระดับชั้นข้อมูล เปิดเผย
* สัญญาอนุญาตให้ใช้ข้อมูล Creative Commons Attributions
เงื่อนไขในการเข้าถึงข้อมูล ไม่มีการจำกัดการเข้าถึงข้อมูล
ผู้สนับสนุนหรือผู้ร่วมดำเนินการ
หน่วยที่ย่อยที่สุดของการจัดเก็บข้อมูล อื่นๆ
ตำแหน่งบนโครโมโซม
URL
ภาษาที่ใช้ อังกฤษ
วันที่เริ่มต้นสร้าง
วันที่ปรับปรุงข้อมูลล่าสุด
ชุดข้อมูลที่มีคุณค่าสูง
ข้อมูลอ้างอิง
สร้างโดย Gravatar ckan_admin
สร้างในระบบเมื่อ 17 สิงหาคม 2569
ปรับปรุงครั้งล่าสุดในระบบเมื่อ 21 สิงหาคม 2569