@prefix dcat: <http://www.w3.org/ns/dcat#> .
@prefix dct: <http://purl.org/dc/terms/> .
@prefix foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1/> .
@prefix vcard: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .

<https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d> a dcat:Dataset ;
    dct:description """ชุดข้อมูลที่รวบรวมความหลากหลายทางพันธุกรรมแบบ Short variants (SNV และ INDEL) ทั่วจีโนม จากข้อมูล WGS ของประชากรไทย จำนวน 50,000 ราย \r
\r
โดยประมวลผลเพื่อค้นหาความหลากหลายทางพันธุกรรมแบบ SNV และ INDEL โดยใช้ GATK4 best practice เทียบกับจีโนมอ้างอิงมาตรฐาน GRCh38 + decoy genomes (โครโมโซมคู่ที่ 1-22, X และ Y) \r
\r
ดำเนินการประมวลผลเพื่อหา Genotype ระดับประชากรด้วย Software GraphTyper  ทำการคัดกรอง Genotype รายบุคคลที่น่าเชื่อถือ โดยต้องมี 5 < DP < 400 และ GQ > 20; ถ้าข้อมูลไม่ตรงตามนี้จะถือเป็น Missing genotype ( . )\r
\r
เมื่อได้ข้อมูล Population scale Genotype ทั้ง 50,000 รายแลัวจะทำการคัดกรองความสัมพันธ์ทางสายเลือด ด้วย IBD (Identity-by-Descent) โดยตัดรายที่มีความสัมพันธ์ตั้งแต่ 3rd degree ออก (3rd degree, 2nd degree, FS, PO, Dup/MZ) คงเหลือ 40,314 ราย และสุดท้ายทำการประมวลผลข้อมูลเพื่อคำนวณความถี่อัลลีลโดยใช้ BCFTools""" ;
    dct:identifier "5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d" ;
    dct:issued "2026-08-17T08:16:47.956653"^^xsd:dateTime ;
    dct:modified "2026-08-21T02:45:12.256581"^^xsd:dateTime ;
    dct:publisher <https://data.genomicsthailand.com/organization/ef5fd2c7-479e-4d0e-a8ba-297ec78ebadb> ;
    dct:title "ความถี่อััลลีลจากความหลากหลายทางพันธุกรรมทั่วจีโนมในประชากรไทย" ;
    dcat:contactPoint [ a vcard:Organization ;
            vcard:fn "สวทช." ;
            vcard:hasEmail <mailto:chumpol.nga@biotec.or.th> ] ;
    dcat:distribution <https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/98847ae0-0ec0-4c59-a97c-9f3972b5da50>,
        <https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/b49ed2ea-6f7a-4e38-9f75-c3cc65e41b7f>,
        <https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/dbae4b73-c059-4dc3-bc3b-ebbe7b0684dd>,
        <https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/f35e1253-7fc9-45f7-931a-af47e5c701c5> ;
    dcat:keyword "Aggregated Frequency",
        "Allele Frequency",
        "INDEL",
        "SNP",
        "SNV",
        "Short variants",
        "WGS" .

<https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/98847ae0-0ec0-4c59-a97c-9f3972b5da50> a dcat:Distribution ;
    dct:description "Index file" ;
    dct:format "vcf.gz.tbi" ;
    dct:issued "2026-08-17T08:25:20.690440"^^xsd:dateTime ;
    dct:modified "2026-08-17T09:12:54.252417"^^xsd:dateTime ;
    dct:title "Variants_GeTH50k_allChr.GRCh38.vcf.gz.tbi" ;
    dcat:accessURL <https://s3-gvcf.genomicsthailand.com/public/Variants_GeTH50k_allChr.GRCh38.vcf.gz.tbi> .

<https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/b49ed2ea-6f7a-4e38-9f75-c3cc65e41b7f> a dcat:Distribution ;
    dct:format "text" ;
    dct:issued "2026-08-17T09:12:54.286801"^^xsd:dateTime ;
    dct:modified "2026-08-21T02:15:48.203433"^^xsd:dateTime ;
    dct:title "Variants_GeTH50k_allChr.md5sum.txt" ;
    dcat:accessURL <https://s3-gvcf.genomicsthailand.com/public/Variants_GeTH50k_allChr.md5sum.txt> ;
    dcat:mediaType "text/plain" .

<https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/dbae4b73-c059-4dc3-bc3b-ebbe7b0684dd> a dcat:Distribution ;
    dct:description """ข้อมูล GeTH Aggregated\r
\r
AN_TH : Total alleles (Maximum 80,628 from 40,314 unrelated Thais)\r
\r
AC_TH : Number of alternative alleles\r
\r
AF_TH : Alternative allele frequency\r
""" ;
    dct:format "VCF" ;
    dct:issued "2026-08-21T02:15:48.236029"^^xsd:dateTime ;
    dct:modified "2026-08-21T02:19:07.612714"^^xsd:dateTime ;
    dct:title "ตัวอย่างข้อมูล Aggregated Allele Frequency" ;
    dcat:accessURL <https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/dbae4b73-c059-4dc3-bc3b-ebbe7b0684dd/download/example_geth_variants.txt> ;
    dcat:byteSize "3139"^^xsd:nonNegativeInteger ;
    dcat:mediaType "text/plain" .

<https://data.genomicsthailand.com/dataset/5d683012-6271-473b-b19e-eb23f1f6016d/resource/f35e1253-7fc9-45f7-931a-af47e5c701c5> a dcat:Distribution ;
    dct:format "vcf.gz" ;
    dct:issued "2026-08-17T08:22:50.208888"^^xsd:dateTime ;
    dct:modified "2026-08-17T08:25:20.650461"^^xsd:dateTime ;
    dct:title "Variants_GeTH50k_allChr.GRCh38.vcf.gz" ;
    dcat:accessURL <https://s3-gvcf.genomicsthailand.com/public/Variants_GeTH50k_allChr.GRCh38.vcf.gz> ;
    dcat:mediaType "text/vcard" .

<https://data.genomicsthailand.com/organization/ef5fd2c7-479e-4d0e-a8ba-297ec78ebadb> a foaf:Agent ;
    foaf:name "Genomics Thailand" .